Molekulare Evolution & Bioinformatik

Prof. Dr. Ingo Ebersberger, ebersberger@bio.uni-frankfurt.de, Tel.+49 69 798 - 42112

Die Ausweitung der DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz und die damit verbundene Verfügbarkeit umfassender genetischer und genomischer Sequenzinformation von nahezu jedem beliebigen Organismus bewirkt, dass die Datenbasis evolutionärer Analysen zunehmend von biologischen Sequenzen dominiert wird. Ein umfassendes Ausschöpfen des Informationsgehalts der Daten und korrekte Interpretationen sind untrennbar mit drei Fragen verbunden: Wie verarbeitet, organisiert und analysiert man Datensets aus der Hochdurchsatz-DNA Sequenzierung? Wie verändern sich DNA Sequenzen und die darin kodierten Proteine im Laufe der Zeit und was kann man aus dem Vergleich heutiger Sequenzen über deren evolutionäre Geschichte erfahren? Und schließlich, welche Annahmen und (evolutionären) Konzepte liegen gängigen bioinformatischen Sequenzanalyse-Algorithmen zu Grunde, und wie können diese das Ergebnis einer Analyse beeinflussen?

Im Rahmen dieses Moduls werden wir uns am Beispiel der Assemblierung und Analyse eines kleineren eukaryotischen Genoms der Beantwortung dieser drei Fragen widmen. Leider ist es in der Bioinformatik immer ein wenig schwer abzuschätzen wie nahe die eigenen Rekonstruktionen und Schlussfolgerungen der tatsächlichen Wahrheit kommen. Um dieses Manko zu umgehen, und um eine besseres ‚Gefühl’ für die Daten und die Analyseergebnisse zu bekommen, werden wir unsere Arbeiten an realen Sequenzdatensets mit parallelen Analysen von simulierten Datensets unterstützen. Die praktischen Arbeiten werden von Vorlesungen und einem Seminar begleitet, in dem die theoretischen Grundlagen vermittelt und vertieft werden.

Semesterlage des Moduls - 1. Abschnitt des Wintersemesters

Anzahl der verfügbaren Plätze - 10

Besonderheiten – Das Modul kann in Absprache mit den Studierenden ganz oder teilweise auf Englisch durchgeführt werden.

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