Bachelorarbeit (im Arbeitskreis für Molekulare Biotechnologie von Prof. Dr. Helge B. Bode)

Voraussetzungen:

Programmierkenntnisse (Java oder Python); Grundkenntnisse mikrobielles arbeiten; Bioinformatische Grundkenntnisse in den Themengebieten Phylogenetische-Rekonstruktion, Homologiemodellierung

Beschreibung:

Im Zuge dieser Arbeit soll ein Web-Tool entwickelt werden, welches zuverlässig geeignete Module und Domänen für Modul/Domänen-Swaps in einem bekannten Biosynthesegencluster identifiziert. Nach der Entwicklung dieses Tools soll die aufgestellte Hypothese durch einen Modul/Domänen-SWAP an einem Biosynthesegencluster experimentell überprüft werden.

Arbeitsschritte:

• Aufbau einer Modul-Datenbank: Identifikation und Extraktion aller Photorhabdus und Xenorhabdus NRPS-Module.
• Homologiemodellierung: Identifikation der hydrophoben Patches (Domain-Domain Interaktionsflächen) und T-C-Linker anhand einer bereits aufgeklärten Kristallstruktur.
• Aufbau einer T-C Linker/Interaktionsflächen Datenbank: Extraktion aller [T-C Linker – T-C Interaktionfläche – T-C Linker – T-C Interaktionsfläche] Sequenzen.
• Phylogenetische-Rekonstruktion: Vergleichende phylogenetische Analysen mit den erstellten Modul- und T-C/Interaktionsflächen Datenbanken.
• Klonierung: Auswahl eines geeigneten Moduls für die experimentelle Bestätigung.
• Entwicklung eines Web-Tools (falls Zeit vorhanden)

Um weitere Informationen zu erhalten, setzen Sie sich bitte per Email mit Herrn Prof. Dr. Bode in Verbindung:

Prof. Dr. Helge B. Bode
Merck-Stiftungsprofessur für Molekulare Biotechnologie
Fachbereich Biowissenschaften
Goethe Universität Frankfurt
Max-von-Laue-Str. 9
60438 Frankfurt am Main
h.bode@bio.uni-frankfurt.de